已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。他们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。正是因为来自波利斯的定期联络突然被中止。而原因却不明……不久到达波利斯的4名队员，等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时，面前出现了巨大的身影……那是以前在地球出现过，但是大部分人认定现在已经灭亡了的怪兽！！！就在同一时刻 出现了能够驾驭怪兽的青年——（レイ）零他到底是什么人？想象一下！激烈程度达到顶点的战斗就要开始了──！

从行星波利斯逃脱等待重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的神秘男子侵入其中。同时，其他的宇宙人们也正暗中开始行动，ZAP SPACY的船员们被卷入战争。

最强战士贝利亚因为渴望力量偷取等离子火花塔而坠入黑暗，走上歧路的贝利亚发起了一场叛乱。最后还是奥特之王亲自出手才平定了这场叛乱，并将贝利亚打进宇宙监狱。多年以后，扎拉布星人拿着终极战斗仪在宇宙监狱救出了贝利亚。重获新生的贝利亚直接杀回光之国，以报当年被封印之仇。一场大战过后，贝利亚夺走了光之国的核心能源，最终导致奥特之星瞬间冻结。只有少数奥特战士得以成功逃离，剩下的奥特战士都被冻结在奥特之星上。梦比优斯奥特曼等少数逃出的奥特战士，肩负着光复光之国的使命。不过仅靠他们几位奥特战士的力量还不足以对抗邪恶的贝利亚，所以需要更多的力量才行。后来在对抗贝利亚的战斗中，赛文奥特曼陷入危机，其他奥特战士的情况也不容乐观。于是，赛文奥特曼发出了求救的飞镖。远在他乡修行的赛罗奥特曼，原本正在雷欧奥特曼的指导下，进行高强度训练。结果突然看到自己父亲的头镖飞了过来，在奥特之王的指引，赛罗奥特曼提前结束修行，火速赶往怪兽墓场，支援自己的父亲。

怪兽在一个工业园里大量出现了？弦人队长率领特怪对分队迎击怪兽，但它们还是接二连三地冒出来。考虑到发生怪兽灾害的工业园或许和专门处理怪兽残骸的先进化学企业内克洛马斯之间存在某种特殊的关系，特怪对分队立马找到了世界上屈指可数的化学研究者，同时也是内克洛马斯CEO的真伏博士。内克洛马斯的研究所现在正在研究的东西叫做“达姆多可辛”。这种东西触及到了生命的根源，可以实现生物的长生不死，研发马上就要研完成了。就在这时，自称宇宙霸主的达姆诺星人突然出现在众人面前。达姆多可辛的储藏柜遭到破坏，达姆多可辛把研究所里的怪兽样本全部吸收之后变成了恐怖的怪兽“妖骸魔兽 贡基尔刚”。现在，以日本的首都为舞台，布莱泽奥特曼和特怪对分队与怪兽之间的壮烈决战正式拉开帷幕！